ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора многие годы является ведущим учреждением страны по подготовке кадров высшей квалификации по направлениям и специальностям в области клинической медицины (инфекционные болезни и педиатрия) и профилактической медицины (эпидемиология, лабораторная диагностика) для научных учреждений (в рамках программы аспирантуры) и практического здравоохранения (обучение в ординатуре и программы дополнительного профессионального обучения).

В реализации образовательной деятельности Институт использует уникальный научно-практический опыт своих высококвалифицированных специалистов, являющихся одновременно не только действующими профессионалами-клиницистами и учёными в области эпидемиологии, инфекционных болезней, молекулярной биологии и генетики, смежных с ней специальностей медико-биологического профиля, но и опытными педагогами.

Обучение в Институте ведется в соответствии с государственными образовательными стандартами высшего образования по образовательным программам высшего образования ординатуры и аспирантуры и по программам дополнительного профессионального образования на основании бессрочной «Лицензии на право ведения образовательной деятельности» от 03 августа 2011 года № 1591, выданной Федеральной службой по надзору в сфере образования и науки. Обучение осуществляется как на бюджетной, так и на договорной основе.

В институте реализуются образовательные программы по подготовке кадров высшей квалификации в ординатуре по программам: 32.08.12. Эпидемиология, 31.08.35. Инфекционные болезни, 31.08.19. Педиатрия и в аспирантуре по направлениям подготовки 31.06.01 Клиническая медицина, 32.06.01 медико-профилактическое дело, по научным специальностям 3.1.22. Инфекционные болезни 3.2.2. Эпидемиология.

Институт реализует широкий спектр программ непрерывного профессионального образования (программы повышения квалификации, семинары непрерывного медицинского образования и др). для широкого круга специальностей медико-профилактического направления и клинической медицины, аудитория которых ежегодно превышает 25000 специалистов, а общее число ежегодно проводимых образовательных мероприятий превышает 90.

ВОЗ и UNICEF активно используют лабораторную базу и научный потенциал Института для проведения в России обучающих курсов в области молекулярной диагностики для специалисты из стран Ассоциации государств Юго-Восточной Азии (ASEAN).