Лаборатория геномных исследований

Заведующий лабораторией

Хафизов Камиль Фаридович

PhD в геномике

Основные задачи:

• Проведение молекулярно-генетического мониторинга вирусных возбудителей инфекционных заболеваний человека.
• Биоинформационная поддержка портала VGARus, депонирование последовательностей геномов патогенов и осуществление их биоинформатического анализа.
• Изучение взаимодействия возбудителей различных инфекций и человека, в том числе для оценки предрасположенности людей к инфекционным заболеваниям и прогнозирования тяжести их протекания.
• Использование геномных данных для понимания механизмов и динамики передачи значимых патогенов. Основная цель – включение геномной эпидемиологии в практику эпидемиологического надзора и практического здравоохранения как на местном, так и на глобальном уровне.
• Создание и развитие лабораторной базы для проведения молекулярно-генетических исследований в институте. Выполнение экспериментов по пробоподготовке и высокопроизводительному секвенированию для задач других подразделений института.

• Изучение эволюции и эпидемиологии вирусов, циркулирующих в популяциях людей и животных, таких как SARS-CoV-2 и другие коронавирусы, вирусов гриппа, гепатитов, ветряной оспы и др.
• Построение математических и информационных моделей, а также базы знаний, связывающих различные варианты SARS-CoV-2 и другие факторы (например, сопутствующую патологию, прививочный статус, половые и возрастные особенности) с тяжестью заболевания у больных с новой коронавирусной инфекцией.
• Построение математических и вычислительных моделей, учитывающих данные о динамике заболеваемости, для оценки влияния появления и распространения новых вариантов вируса SARS-CoV-2 на снижение защитного иммунитета для ретроспективного анализа развития пандемии в РФ и возможности прогнозирования новых всплесков заболеваемости.
• Разработка и создание методов и подходов для идентификации вирусных возбудителей инфекционных заболеваний с использованием технологий высокопроизводительного секвенирования, методов машинного обучения и структурной биологии, включая расшифровку инфекций неясной этиологии и открытие новых вирусных патогенов.
• Разработка протоколов и создание праймерных панелей для полногеномного секвенирования значимых вирусных патогенов, а также биоинформатических средств автоматического анализа данных.
• Разработка панелей для секвенирования генов главного комплекса гистосовместимости (HLA) и проведение экспериментов для определения характерных для российской популяции генетических факторов, связанных с особенностями течения различных заболеваний, в том числе с переходом вирусных гепатитов в хроническую форму, развитие цирроза печени и гепатоцеллюлярной карциномы.