Одним из приоритетных направлений работы Института является создание инновационных научных технологий и разработка на их основе отечественных медицинских изделий. Сегодня ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора является одним из крупнейших в России высокотехнологичных импортозамещающих биотехнологических предприятий по производству современных диагностических препаратов. Наборы реагентов и тест-систем для диагностики инфекционных болезней, разработанные и произведенные ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, широко используются в клинико-диагностических лабораториях системы Министерства Здравоохранения Российской Федерации и ФМБА, учреждениях ФСИН, учреждениях службы крови, Центрах по профилактике и борьбе со СПИДом и учреждениях Роспотребнадзора, частных медицинских центрах и др.

В рамках поддержки Нацпроекта по импортозамещению в сфере информационно-коммуникационных технологий ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора создает собственные программные продукты и решения для проведения оперативного и ретроспективного анализа эпидемиологической обстановки как на территории отдельных субъектов Российской Федерации, так и страны в целом.