Основные направления научных исследований:

• изучение особенностей клинического течения наиболее распространенных инфекционных болезней, в т.ч. новых и возвращающихся инфекций;
• исследование патогенеза угрожающих жизни состояний, являющихся осложнениями основного заболевания;
• разработка новых и совершенствование существующих методов этиотропной и патогенетической терапии.
• изучение острых кишечных инфекций (ОКИ) у детей: этиологическая структура, клинические особенности, влияние свойств возбудителя на клиническое течение болезни (сальмонеллезы, шигеллезы, кампилобактериоз и др.); вопросы патогенеза и иммуногенеза;
• изучение вирусных гепатитов (ВГ) разной этиологии у детей - ВГ A, B, C, D и TTV, их клинико-эпидемиологические особенности;
• разработка клинической и лабораторной диагностики, комплексной терапии;
• апробация новых методов терапии;
• изучение неспецифического язвенного колита у детей;
• изучение острых респираторных инфекций у детей, включая вирусные (респираторно-синтициальной этиологии), бактериальные (гемофильной, хламидийной этиологии) и микоплазменные;
• изучение клиники, патогенеза и совершенствование диагностики терапии неотложных состояний при ОКИ, ВГ и ОРЗ у детей.

Основные направления научных исследований:

• изучение эпидемического процесса ВИЧ-инфекции и совершенствование системы эпидемиологического надзора;
• изучение патогенеза и клиники ВИЧ-инфекции и сопутствующих ей заболеваний;
• совершенствование терапии ВИЧ-инфекции, апробация и внедрение новых лекарственных средств для ее лечения;
• создание молекулярных методов диагностики ВИЧ- инфекции и связанных с ней заболеваний;
• разработка мероприятий по социально-психологической адаптации ВИЧ-инфицированных;
• разработка эффективных мер профилактики ВИЧ-инфекции.

Основные направления научных исследований:

• изучение комплекса эколого-эпидемиологических причин, приводящих к вспышкам арбовирусных инфекций: экологические характеристики переносчиков, зараженность популяции первичных хозяев, изучение погодных условий в эндемичных районах.
• создание лабораторных методик на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) для выявления различных патогенов: флавивирусов как рода в целом, вирусов лихорадки Западного Нила, клещевого энцефалита, Омской геморрагической лихорадки, крымской геморрагической лихорадки и других, сходных по клиническим проявлениям патогенов.
• разработка и применение современных методов молекулярно-генетического анализа для типирования различных патогенов, позволяющих выявлять и прослеживать эволюцию эпидемически значимых клонов;
• изучение эпидемиологии и усовершенствование эпидемиологического надзора за зоонозными инфекциями (сибирская язва, бешенство, сальмонеллез, кампилобактериоз);
• развитие учения об эпидемическом процессе.

Основные направления научных исследований:

• совершенствование системы эпидемиологического надзора за менингококковой инфекцией и гнойными бактериальными менингитами;
• оптимизация организационных и методологических основ лабораторной диагностики гнойных бактериальных менингитов;
• разработка принципов комплексного микробиологического мониторинга за биологическими свойствами основных возбудителей гнойных бактериальных менингитов;
• изучение биологических свойств основных возбудителей гнойных бактериальных менингитов, выявление "маркеров" вирулентности и определение прогностических признаков эпидемиологического неблагополучия.

Основные направления научных исследований:

• эпидемиологический надзор за инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи (ИСМП) в различных типах стационаров;
• эпидемиологический надзор за ИСМП (ВБИ) среди медицинского персонала;
• мониторинг за этиологической структурой и лекарственной устойчивостью возбудителей ИСМП (ВБИ);
• выявление и анализ факторов и групп риска возникновения ИСМП (ВБИ);
• оценка эффективности деятельности противоэпидемической службы; разработка системы экономического анализа ВБИ;
• совершенствование мер борьбы и профилактики ИСМП (ВБИ).

Образовательный центр ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора является функциональным подразделением института, обеспечивающим реализацию образовательных программ подготовки кадров высшей квалификации (ординатура и аспирантура).